Орех чёрный используется в качестве общеукрепляющего, иммуномодулирующего и противопаразитарного средства. Его ценность определяется широким спектром терапевтического действия, которое обусловлено сочетанием сразу нескольких активных соединений, взаимно усиливающих действия друг друга. Содержание биологически активных веществ в черном орехе в 4-5 раз превышает их содержание в родственном ему грецком орехе. ЮГЛОН (5-гидрокси-1,4-нафтохинон) ― основное действующее вещество, которое встречается только у представителей ореховых. Он имеет широкий спектр антимикробной активности как по отношению к грамположительным (Staphylococcus aureus и Streptococcus mutans), так и по отношению к грамотрицательным микроорганизмам (Esherichia coli и Pseudomonas aeruginosa), а также патогенным дрожжевым организмам (Candida albicans). Юглон угнетает активность фермента фосфатидилинозитол-3-киназа, с чем связывают его антиканцерогенные свойства; при этом, в отличие от других цитостатиков (особенно химиопрепаратов), он не токсичен. В доклинических испытаниях извлечения из лекарственного растительного сырья ореха чёрного проявляют преимущественно антимикробное, противогрибковое, антиоксидантное, противовирусное, гипотензивное, иммуномодулирующее, противоопухолевое и спазмолитическое действие.